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搜索引擎通常会把子域名(二级域名)当作一个基本独立的站点看待
也就是说http://www.zhengbiao.net
和
http://personal.zhengbiao.net 是两个独立的网站
而http://www.zhengbiao.net/personal/ 就纯粹是http://www.zhengbiao.net/ 的一部分
顺便说一句，www.zhengbiao.net 其实是 zhengbiao.net 的一个子域名。只是约定俗成，网站一般以www.zhengbiao.net 为主域名
如果抛开其他因素，只看这两个URL：
http://personal.zhengbiao.net/
http://www.zhengbiao.net/personal/
子域名http://seo.zhengbiao.net/的权重稍微高一点，因为搜索引擎会把这个URL当作网站的首页。另外有很多人观察到，主域名很多时候会传递一小部分信任度(不是PR)给子域名
 所以单就URL来看，子域名比目录天生的权重和排名能力稍微高一些。但从SEO的角度来看，我建议尽可能使用目录，而不是子域名

子域名和主域名是两个完全不同的网站，要推广的也是两个网站，所有的优化工作都要多做一遍。尤其是网站的外部链接、网站的PR值、权重都会被这两个独立的网站分散。

子域名的使用会是网站越来越多，同时每个子域名网站变小。目录会使一个网站越做越大。网站越大，包含的内容自然就越多，对用户的帮助越大，它所累积的信任读就更低。

当然在某些情况下，子域名是更适合的：
网站的内容足够多，每个子域名下涵盖的内容都足以成为一个独立的网站而毫不逊色。
公司有不同的产品线，各产品线联系不大。如门户网站推出不同的服务时，如博客、微博、论坛、邮件、也用子域名为宜
分类信息网站，不同的子域名使用不同的子域名。这类分类信息网通常有海量的数据，并且不同的城市、省份可能有不同的发展和安排，管理也是由不同的团队来操作的。
平台类网站，如B2B和淘宝类的商城。每个用户都有自己相对独立的展示平台，使用自己的子域名对品牌建设、推广有好处。

最后，如果非要明确将一级目录和二级域名的使用来划分区别，那就是“相关性”。
相关性越强，就采用一级目录；相关行越弱，则选择二级域名。不过，还是要结合分析的具体问题具体分析。